Está considerado por la tradición como la cuna del Reino de Aragón, fue parada habitual del Camino de Santiago y lugar de leyendas, y entre ellas destaca la que vincula este lugar con el Santo Grial. Su construcción se hizo excavando la roca del monte Pano. En el momento de esplendor de San Juan de la Peña, el reino de Aragón no poseía una corte oficial estable, siendo un reino "itinerante". Tres son los pilares en que se asentaba el reino en lo tocante a edificaciones regias: la catedral de Jaca, el castillo de Loarre y el panteón de San Juan de la Peña.
La fundación del monasterio se debate entre la leyenda y la realidad, según la leyenda, sus inicios se sitúan hacia el año 720. Un caballero zaragozano de nombre Voto se encontraba de cacería por las cercanías de la cueva; en un momento de infortunio el ciervo al que perseguía se cayó desde lo alto de una peña y casi le sucede lo mismo a Voto si no fuera porque encomendándose a San Juan Bautista, caballo y caballero pudieron eludir el barranco a tiempo salvándose de una muerte segura. Descendiendo a la base de la peña encontró una cueva con una pequeña ermita y el cadáver de un ermitaño llamado Juan de Atarés que al parecer habría muerto hacia el 714. Junto al difunto se encontró una inscripción que decía: "Ego Ioannes hujus Eclesiae conditor, primus habitator, qui ob amoren Dei, spreto hoc praesenti saeculo, ut potui, han eclesiolan fabricabi, santoque Joani Baptiste consecravi; inqua vixi diutius eremita, nunc mortuus in domino requiesco, Amen" cuya traducción bastante libre en mi latín olvidado podría ser: Yo Juan, he construido esta iglesia por amor a Dios en honor a Juan el Bautista, después de muchos años muero en el Señor. Descanso aquí. Amén. Inmediatamente Voto volvió a Zaragoza y convenció a su hermano Félix que debían retirarse a la gruta y hacer vida de ermitaños, ambos murieron allí y fueron sepultados junto al beato Juan de Atarés. Tras ellos, otros anacoretas como Marcelo y Benedicto mantuvieron habitado el lugar y con el tiempo se fundaría el monasterio que ahora conocemos.
Los primeros datos documentales se remontan al siglo X cuando el conde de Aragón Galindo II Aznarez crea en 920 un monasterio donde instala una pequeña comunidad de monjes. Tal vez fueran los mismos ermitaños que vivían en la zona los que se agruparan para hacer vida monástica en comunidad.
El monasterio se pone bajo la titularidad de los santos San Julián y Santa Basilisa y su primer abad fue el monje Transirico. La iglesia fue bendecida por Iñigo, obispo de Aragón-Huesca. De esta primera época queda la iglesia mozárabe o prerrománica (monasterio bajo). Este primer monasterio fue abandonado en el 999 a consecuencia de las razzias de Al-Mansur y no sería hasta el 1025 cuando el rey de Navarra Sancho III el Mayor refunde el monasterio, lo amplíe (sala de los concilios y tramo de los pies de la iglesia mozárabe) y lo ponga bajo la titularidad de San Juan Bautista. Renace con el nombre de San Juan de la Peña y permanecerá activo con mayor o menor fortuna hasta 1835 (Desamortización de Mendizábal) en que por decreto gubernamental los monjes pinatenses son expulsados del monasterio.
En 21 de abril de 1028 se introduce en el monasterio la regla benedictina y el 22 de marzo de 1071 por orden del rey de Navarra Sancho I Ramírez se utiliza por primera vez el rito romano en sustitución del viejo rito mozárabe o hispano que regía en los reinos peninsulares desde tiempos visigodos, que ponía fin al antiguo rito hispano-visigótico y suponía la acomodación definitiva de la iglesia aragonesa a las pautas marcadas por el Pontificado. En el año 1071, el papa Alejandro II puso bajo su protección el monasterio y confirmó todos los privilegios y posesiones del cenobio hasta ese momento. Posteriormente la regla de San Benito sería sustituida por la de Cluny mucho más austera y rígida que la benedictina. La orden de Cluny quedaba bajo la jurisdicción de la Santa Sede y de ella dependería.
El rey Sancho el Mayor de Navarra lo pone bajo su protección personal, posteriormente los reyes aragoneses serán enterrados en él, convirtiéndose en el Panteón Real del reino de Aragón. Ramiro I, Sancho I Ramírez y Pedro I fueron enterrados en él junto con sus esposas, familiares y nobles y llegó a convertirse en la cuna del Reino de Aragón siendo el eje vertebrador de la reconquista por tierras del Alto Aragón. Con la conquista de las tierras del Ebro y de Zaragoza (1118) por el rey Alfonso I el Batallador y la posterior llegada del conde de Barcelona Ramón Berenguer IV el eje vertebrador del reino se desplazó hacia el sur y los nuevos reyes no sintieron especial predilección por este monasterio, pasando a ocupar el honor de ser panteón Real el Monasterio de Poblet.
Durante el reinado del rey Sancho I Ramírez se amplía el monasterio con un nuevo piso y una nueva iglesia que se construye literalmente sobre la primera, quedando por tanto esta relegada a la calidad de cripta. La nueva iglesia románica (monasterio alto) fue bendecida el 4 de diciembre de 1094 por el obispo Pedro de Jaca y en presencia del rey de Aragón Pedro I, hijo de Sancho Ramírez que por poco no pudo ver acabada la iglesia.
En 1233 el papa Gregorio IX concedió a los abades de San Juan de la Peña y a sus sucesores más tarde, el uso de la mitra. En 1375 tuvo lugar un gran incendio que afectó sobre todo a las edificaciones de madera y en 1494 otro incendio asoló el monasterio de forma dantesca.
En San Juan de la Peña se conservaban gran cantidad de reliquias: dos trozos de la Santa Cruz, un trozo de vestido de la Virgen, piedras procedentes del pesebre del Niño Jesús y del Santo Sepulcro entre otras muchas reliquias. Sin embargo, la reliquia más preciada que tuvo el monasterio fue el Santo Cáliz de la Última Cena que ahora se conserva en la Catedral de Valencia. Durante el periodo que permaneció en este lugar el Cáliz, era utilizado para consagrar, hasta que el rey Martín el Humano lo requirió para su tesoro particular en 1399.
La decadencia del monasterio se acentúa desde principios del siglo XIII. En este deterioro se debe a diferentes factores. Por un lado, con las conquistas y el avance cristiano hacia el sur, el foco de influencia y de poder político se desplazó desde el abrupto Pirineo hacia el área del valle del Ebro, siendo por consiguiente cenobios como Veruela, Poblet, Rueda o Piedra los que pasarían a convertirse en los predilectos de los monarcas. Al abandono económico de sus donantes se unen las malas condiciones geográficas y climáticas del edificio, A partir del siglo XV se introducen reformas artísticas como la capilla gótica de San Victorián construida para panteón abacial. En el siglo XVI el abandono institucional del monasterio es un hecho, cuando el papa Pío V separa la diócesis de Huesca de la de Jaca. Para dotar la nueva sede de la Jacetania se utilizan propiedades del monasterio de San Juan de la Peña, situación que acelera la devacle económica de esta comunidad religiosa. Tras el incendio de 1494, el 24 de febrero de 1675 tuvo lugar otro incendio que duró al menos tres días, destruyendo el refectorio, la hospedería y el archivo con los diplomas de los primeros reyes de Aragón. Por lo que los monjes optaron por construir un nuevo monasterio en la parte superior de la peña, en el conocido como Llano de San Indalecio, porque aquí se encontraba una ermita levantada en honor de este santo. Los monjes pudieron ocupar el nuevo convento en 1682 pero la iglesia no sería bendecida hasta el 8 de octubre de 1705 y el monasterio no quedó acabado hasta 1714. Las obras fueron realizadas en ladrillo, sólo la piedra fue usada en la impresionante portada de estilo barroco por el arquitecto pamplonés Pedro Onofre Escol. En el monasterio de abajo quedaron un muy reducido grupo de monjes encargados del mínimo mantenimiento del mismo. La Guerra de la Independencia, acontecido un siglo después, supone la destrucción del monasterio nuevo por parte de los franceses y su expolio.
La vida monástica del monasterio acabó en 1835 con la Desamortización de Mendizábal, entre los bienes que pasaron a la Catedral de Jaca, destacan los restos de San Voto y San Félix, santos legendarios fundadores del monasterio y los restos de San Indalecio.
El 23 de enero de 1984 el Departamento de Cultura de la Diputación General de Aragón, inició sus obras de restauración. Las últimas realizadas en el monasterio databan de 1935, y fueron realizadas por don Francisco Íñiguez Almech. En la restauración de 1984, y bajo la supervisión artística de la Dirección General de Bellas Artes, el proyecto fue dirigido por el arquitecto oscense Ramón Bescós, correspondiendo la restauración de las pinturas a Anglada, quien realizó la restauración de éstas in situ. Durante los años 1987 y 1988 se llevan a cabo trabajos puntuales de restauración (consolidación e impermeabilización de bóvedas, restauración de elementos exteriores, etc.). En julio de 1998 se inauguró un montaje multimedia (luces, sonidos, proyecciones) prontamente retirado y sustituido por un vídeo que se proyecta en el monasterio alto desde agosto de 2000.
Actualmente el monasterio nuevo alberga en su interior se encuentra el Centro de Interpretación del Reino de Aragón (CIRA) así como el Centro de Interpretación del Monasterio.
Monasterio:
En el monasterio se aprecian dos realidades constructivas y dos iglesias, por lo que frecuentemente se dice que está conformado por dos monasterios. La iglesia mozárabe o baja es la más antigua (siglo X y XI); en la actualidad está considerada como cripta, mientras que la iglesia alta se data en el siglo XII. Destaca todo el conjunto protegido por la peña bajo la cual se asienta y que le da nombre.
A) Monasterio mozárabe o bajo
Sala del concilio: El monasterio bajo se data en torno a los siglos X y XI. Entramos desde el exterior por una puerta en arco de medio punto, y accedemos a una especie de vestíbulo que desemboca en una escalera que lleva al nivel inferior y da paso a la llamada Sala del Concilio, que probablemente en origen debió ser el dormitorio monacal y una segunda escalera que nos lleva al nivel superior. La sala del concilio adopta forma rectangular irregular, dividida en cuatro tramos separados por arcos de medio punto que apoyan en cuatro pilares cruciformes que dividen la estancia en dos naves cubiertas con bóvedas de medio cañón. La sala se ilumina mediante tres vanos aspillerados que proporciona escasa luz al interior. En la Sala del Concilio según una tradición el rey de Aragón Ramiro I realizó un concilio en 1057 cosa que no está demostrada. Esta sala es posterior a la iglesia mozárabe ya que está fechada en el siglo XI bajo el reinado de Sancho el Mayor. En origen la techumbre debió ser de madera, pero Sancho el Mayor la abovedó con piedra, aunque de todos modos las actuales bóvedas son del siglo XV pues las antiguas fueron pasto de las llamas en uno de los numerosos incendios que ha sufrido el monasterio. Al fondo de la sala un arco de medio punto permite el acceso a la Iglesia baja, iglesia mozárabe o iglesia prerrománica a la altura de los pies.
Iglesia mozárabe: la orientación de esta iglesia no es la canónica, porque está orientada hacia el sureste y no al este, debido a que se halla bajo el abrigo rocoso. Esta iglesia del siglo X es la parte más antigua de todo el monasterio y está dividida en tres secciones. La cabecera está formada por dos ábsides rectangulares parcialmente abiertos en la roca. En sus muros aún se pueden encontrar restos de pintura mural del siglo XII. Las embocaduras de los ábsides están abiertas por un arco de medio punto para cada uno de los ábsides, aunque visualmente parezcan que sean arcos de herradura. Las dos capillas absidiales se comunican entre sí por un pequeño vano formado por un arco de medio punto que mediante el apoyo en un baquetón da la sensación de una falsa herradura. Los dos ábsides se explican porque en origen este monasterio era dúplice (monjes y monjas), por eso se eligieron los santos Julián y Basilisa. Al poco tiempo en 1024 las monjas que habitaban el convento se desplazaron hasta el cercano pueblo de Santa Cruz de la Serós donde establecieron un monasterio totalmente femenino.
De los restos de pintura que nos queda podemos inferir que representan el martirio de los santos hermanos Cosme y Damián, los nombres de los protagonistas están escritos en el muro.
Previo a estos espacios encontramos una sala rectangular formada por dos naves separadas por dos arcos formeros de herradura que apoyan en una sola columna central. El apoyo lo hace sobre un capitel prismático con decoración incisa que a su vez descansa en un fuste con decoración anillada también incisa y al suelo mediante una basa. Las naves se cubren con bóveda de cañón. A lo que parece este era el núcleo original de la iglesia antes de la reforma que vamos a ver. En el lado del evangelio de esta sala podemos ver la antigua puerta de acceso a la iglesia que comunicaba con la sala del concilio. Esta puerta formada por un arco peraltado de medio punto se encuentra a distinto nivel que la sala del concilio por lo que bien esta fue excavada o para acceder a ella habría que hacerlo mediante unas gradas hoy desaparecidas.
En el siglo XII se amplia este espacio y se abre una nueva sala formada por dos naves separadas por arcos que apoyan en dos pilares cruciformes. Esta sala está situada en un nivel algo inferior que la cabecera por lo que para acceder a ella hay que subir unas cortas escaleras. En el suelo de esta sala podemos encontrar cinco señales de enterramientos, conservándose la lauda sepulcral de uno de ellos. Se trata de distintos abades del monasterio de entre los siglos XVII y XIX. Así encontramos a los abades Juan Briz Martínez (* Zaragoza ca.1570 † San Juan de la Peña 1632), Pedro de Santa Fe, José Ferrer († 1815), F. Benito Lanuza y Francisco Blasco de Lanuza (* Sallent † San Juan de la Peña 1664). La bóveda de la sala es de medio cañón reforzada por arcos fajones y probablemente se construyó como soporte para la construcción de la iglesia superior.