Discurre en su totalidad por la Provincia de Huelva. Del norte, donde se sitúa su nacimiento, al sur, donde desemboca; atraviesa los municipios onubenses de Nerva, Minas de Río Tinto, El Campillo, Zalamea la Real, Berrocal, Valverde del Camino, Paterna del Campo, Niebla, La Palma del Condado, Villarrasa, Bonares, Trigueros, Lucena del Puerto, San Juan del Puerto, Moguer, Palos de la Frontera y Huelva.
La zona comprendida entre los tramos alto y medio del río y su entorno, unos 57 Km a lo largo de la provincia de Huelva y Sevilla fue declarado el 18 de enero de 2005 Paisaje Protegido, abarcando los municipios de Berrocal, El Campillo, La Palma del Condado, Minas de Riotinto, Nerva, Niebla, Paterna del Campo, Valverde del Camino, Zalamea la Real y Villarrasa en la provincia de Huelva, con una superficie: 16.956,79 hectáreas.
Ferrocarril:
En febrero de 1873 la Ríotinto Company Limited inició las obras que se acabaron el 28 de Julio de 1.875. Las obras se emprendieron el unísono en cinco puntos. Se decidió que la línea tendría un ancho de 1,067 metros, conocido por vía métrica inglesa, muy característica en África y Asia. En total se construyeron 83 Km. De Vía General, vía que iba desde Huelva hasta las dos grandes estaciones de clasificación de mineral, conocidas por Río tinto Estación y Naya, receptoras a su vez de una serie de ramales que unían todo el transporte de mineral en la cuenca. La red de vías interiores hacía un total de 234 Km. Disponía de 17 estaciones y 8 puentes, se llegaron a trasportar 1.200.000 Tm. anuales es decir 10.000 Tm. diarias. El ferrocarril también se dedicaba al transporte de pasajeros, habiendo trasportado ya en 1.900 más de 1.000.000 de personas. En 1967 se suprimió el transporte de viajeros siendo sustituido por autobuses, y en 1.984 se la línea ferroviaria minera
Características:
Río tinto se caracteriza por sus aguas rojas y a su bajo grado de acidez (pH entre 1,7 y 2,7) que lo hacen único en el mundo. La coloración, aunque durante mucho tiempo se pensó que era debida a la minería, hoy en día se sabe que pese a la importante influencia que ha tenido, su origen principal está en la meteorización de los minerales que contienen sulfuros de metales pesados hallados en los yacimientos a lo largo del río. Estos yacimientos son depósitos hidrotermales compuestos en gran medida por rocas de pirita (sulfuro de hierro (II)) y calcopirita (disulfuro de hierro y cobre). El proceso de meteorización se debe a la oxidación microbiológica de estos minerales, causada principalmente por unas bacterias quimiolitotrofas como Acidithiobacillus ferrooxidans o Leptospirillum ferrooxidans y otras bacterias acidófilas que oxidan los iones sulfuro y ferroso a iones sulfato y férrico, liberando protones que acidifican las aguas, y lixiviando una variedad de metales pesados como cationes en el agua. A pocos centímetros de profundidad no hay oxígeno y las bacterias que se desarrollan tienen la capacidad de respirar férrico. Por eso, el color cambia en esa zona y es azulado o transparente.
Las aguas del río tienen una química muy compleja y a pesar de que es un ambiente extremo, en ellas viven representantes de todas las ramas del árbol de la vida, se han encontrado bacterias, más de mil hongos, etc. Lo que no hay son peces. En cuanto a la flora y fauna, se presta especial atención a especies amenazadas como el brezo de las minas (Erica andevalensis), planta endémica de Huelva en peligro de extinción, y distintas variedades de murciélagos que anidan en las cavidades y canales de los enclaves mineros.
Por ello la NASA lo escogió como hábitat a estudiar por su posible similitud al ambiente del planeta Marte, tras encontrar el robot Opportunity en Marte un mineral denominado jarosita, se trata de un sulfato de hierro, potasio y sodio que sólo se sintetiza si hay agua (debe ser agua ácida y cargada de metales). El hecho de que Río Tinto fuera muy rico en jarosita ha hecho que los científicos de la NASA, que comenzaran a desarrollar proyectos de investigación en la zona.
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