En el año 2.006, es derrotada la Unión de Cortes Islámicas (UCI), por el Gobierno Federal de Transición y las Fuerzas Armadas de Etiopia, dividiéndose la UCI en varias ramas más pequeñas.
Una de estas ramas es Al Shabab, un movimiento yihadista islámico, con la misión de realizar la Yihad (guerra santa), contra los enemigos del Islam, que surgió en el año 2.007 y se dedica a la lucha, contra el GFS (Gobierno Federal de Somalia) y AMISOM (Misión de la Unión Africana en Somalia).
En diciembre del año 2.007, es nombrado líder de Al Shabab, Ahmed Godane.
En el año 2.008 se cree que los efectivos de Al Shabab son entre 3.000 y 7.000 hombres.
En el año 2.010, Al Shabab, estaba bajo las órdenes de Abu Zubeyr.
Durante la final de la Copa Mundial de Futbol, realizada en Sudáfrica entre el 11 de junio y el 11 de julio del año 2.010, se produjo un doble atentado en Kampala (capital de Uganda), mientras los clientes del restaurante Ethiopian Villaje y también los clientes del bar del club de rugby Kyadondo, veían por televisión la final del mundial de futbol entre España y Holanda, falleciendo 76 personas, donde Al Shabab, afirma que realizo el doble atentado, a causa de la presencia de unos 3.000 soldados ugandeses en Somalia, formando parte de la misión de paz de la Unión Africana (AMISOM).
Día 16 de octubre del año 2.011, tropas kenianas se adentran en Somalia, como represalia por haber secuestrado extranjeros en Kenia, por parte de Al Shabab con el nombre en clave de Operación Linda Nchi.
En agosto del año 2.011, el GFT y AMISOM capturan en Mogadiscio (Somalia), a militantes de Al Shabab, también surgió una brecha ideológica entre la dirección del grupo, siendo asesinados varios altos cargos.
Se sospechan relaciones de Al Shabab con Al-Qaeda, Boko Haram, Samantha Lewthwaite y Abu Mansoor Al-Amriki.
En el año 2.012, Al Shabad promete lealtad a la organización Al-Qaeda, aunque en febrero de este mismo año, algunos líderes del grupo Al Shabad, se pelean con Al-Qaeda.
Día 21 de septiembre del año 2.013, entre 10 y 15 hombres armados atacan el centro comercial Nakumatt Westgate, en Nairobi (Kenia), muriendo 72 personas y unas 200 personas heridas, en represalia por la Operación Linda Nchi.
En el año 2.014, se estima que los miembros de Al Shabab, oscilan entre 7.000 y 9.000 hombres.
El día 16 de agosto del año 2.014, el gobierno somalí pone en marcha la Operación Océano Indico, para eliminar zonas insurgentes, con el apoyo de la aviación estadounidense, atacando la ciudad de Haaway y matando al líder de Al Shabad, Mokhar Ali Zuberr, el día 1 de septiembre del año 2.014, a causa de lo cual el gobierno somalí ofrece una amnistía para los miembros moderados de Al Shabab.
El día 1 de septiembre del año 2.014, muere Godane en un ataque aéreo de los EEUU.
El día 6 de septiembre del año 2.014, es nombrado Ahmad Umar sucesor de Godane.
Día 22 de noviembre del año 2.014, miembros de Al Shabab, matan a 28 pasajeros de un autobús en Mandera (Kenia), por no saber recitar versos del Corán.
Diciembre del año 2.014, un avión no tripulado de los EEUU, mata al jefe de inteligencia Tahliil Abdishakur.
También a finales de diciembre del año 2.014, se entrega a la policía de Gedo (Somalia), el comandante Zakariya Ismail Ahmed Hersi.
En enero del año 2.015 muere durante una escaramuza con el ejercito somalí el comandante Ibrahim Filey.
En enero del año 2.015, también muere con un avión no tripulado de EEUU, el jefe de inteligencia y seguridad Yusuf Dheeq.
A principios del año 2.015, desertan el comandante Sheikh Osman Mohamed, el experto en minas terrestres Abdullahi Mohamed y el oficial Bashaan Ali Hassan.
En marzo del año 2.015, otro avión no tripulado estadounidense mata al jefe de operaciones externas y autor intelectual del ataque al centro comercial Westgate en Nairobi, Kenia.
El día 2 de abril del año 2.015, Al Shabab atento en la Universidad de Garissa, en Kenia, alegando que dicha universidad estaba situada en un lugar colonizado por no musulmanes, falleciendo 152 personas, 4 de los terroristas, desconociéndose actualmente el paradero de 535 estudiantes.