La reserva de biósfera del Manu se sitúa entre las regiones de Madre de Dios y el Cuzco, en las provincias del Manu y Paucartambo; está dividido en tres zonas, el Parque Nacional, la zona de Reserva y la zona de transición o cultural.
Se inicia en la confluencia del río Manu y el río Madre de Dios desde los 300 hasta los 3.000 m.s.n.m., fue declarado como Parque Nacional el 29 de Mayo de 1973 para preservar el patrimonio natural y cultural de la zona en beneficio de las generaciones presentes y futuras, lo que determinó que la UNESCO lo reconociera como Reserva de la Biósfera del Manu.
El Parque Nacional del Manu está destinado a la protección de la biodiversidad y solo se permiten el ingreso de investigadores a observar los procesos ecológicos en su forma natural.
La estación de Cocha Cashu se sitúa dentro del parque y es un importante centro de investigación de los bosques tropicales. La zona reservada del Manu, situada en la parte baja del río Manu es el área donde se permiten las actividades turísticas y la investigación.
En el área se puede observar bellos paisajes naturales y abundante flora y fauna en su estado natural desde los ríos y las cochas o lagunas. La zona de transición o cultural, es habitada por comunidades de colonos dedicadas a actividades agropecuarias, pecuarias y forestales, cuentan con los servicios básicos de salud y educación.
En la zona del parque se sitúan más de 30 comunidades campesinas y varias poblaciones nativas de la Amazonia que lo habitan desde tiempos inmemoriales. En el parque se encuentran más de 1,5000 especies de plantas, más de 1,000 especies de aves, 1,200 de mariposas y 200 de mamíferos. El parque Nacional del Manu es el parque protegido con mayor diversidad biológica en el mundo.
El acceso se puede realizar vía aérea desde Lima hasta Puerto Maldonado desde donde se puede llegar a la reserva vía terrestre o fluvial. También lo puede hacer vía terrestre desde Cuzco hasta las localidades de Atalaya y Shintuya; el viaje dura aproximadamente 12 horas y parte (6 horas) lo hará por el río.