Este grandioso espacio dedicado a la educación y el estudio, nos muestra los ecosistemas de agua dulce como los ríos, lagos y humedales que hoy ocupan menos del 2% de la superficie terrestre, pero proveen hábitats en los que se presenta biodiversidad de plantas, invertebrados acuáticos (como las larvas de muchos animales, escarabajos y libélulas) y vertebrados como peces y anfibios.
De igual forma nos advierte que su número está disminuyendo rápidamente por la intervención humana (sobre pesca, minería), la destrucción de hábitats, la alteración física de los cuerpos de agua, el vertimiento de aguas residuales y la polución del aire y el agua.
El acuario expone 158 especies autóctonas, 41 especies endémicas (que sólo existen en Colombia) como el Bocachico pez insignia del país. Entre otras las sabaletas, la dorada, el chango, y varias especies de cuchas, coridoras, sardinas, apistogramas y babosos o briolas.
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